מעבדות מרכזיות ירושלים - מעבדה לאפידמיולוגיה מולקולרית

אודות

מעבדה לאפידמיולוגיה מולקולארית

היחידה מרכזת את הפעילות המולקולארית במעבדות המרכזיות. פעילות המעבדה כוללת פיתוח ויישום שיטות חדשות, בדיקות שגרתיות וביסוס מערך טכנולוגי עדכני, ומרכזי לבדיקות של המרכזים הארציים.

תחומי פעילות

אפידמיולוגיה מולקולארית - קביעת קרבה גנטית של חיידקים שונים באמצעות ניתוח מאפיינים של ה- DNA, בשיטות מתקדמות
ביואינפורמטיקה - ניתוח תוצאות הבדיקות המולקולאריות באמצעות תוכנות שונות, חלקן מבוססות אינטרנט והתוכנה המרכזית המשמשת את המרכז לאנליזות השונות, השוואות למסדי נתונים בינלאומיים ועוד - BioNumerics
זיהוי ואיפיון מולקולארי של חיידקים, פרזיטים וחרקים מעבירי מחלות, בשיתוף עם המרכזים הארציים והיחידות השונות
אבחון מולקולארי של חיידקים נדירים או קשים לאבחנה. מיקובקטריום לפרה, דיפטריה ושעל
השתתפות ברשתות ניטור מולקולאריות בינלאומיות - מבוססות על ממצאי אנליזות מולקולאריות המועברים אלקטרונית בין המדינות השותפות, ונשמרים בבנקי מידע הפתוחים לציבור מקצועי
פיתוח ויישום שיטות חדשות
פרויקטים מחקריים שונים וסקרים בתחום של אפידמיולוגיה של מחלות זיהומיות

רשימת בדיקות

חיתוך של DNA כרומוזומלי באנזימי רסטריקציה החותכים באתרי DNA נדירים. השיטה עברה סטנדרטיזציה בינלאומית ומצטיינת בהדירות (reproducibility) גבוהה. החיידקים המאופיינים בשיטה זו: Salmonella spp., Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes (GAS), Streptococcus agalactiae (GBS), Streptococcus pneumoniae, Bordetella pertussis, Enterococcus (VRE), Shigella sonnei, Vibrio vulnificus Vibrio cholerae, Haemophilus influenzae, Bacillus cereus, Neisseria meningitidis, Klebsiella pneumoniae, E. coli, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli

Multi Locus Sequence Typing - MLST - בשיטה זו קובעים (Sequence Type (ST (אחיד בכל העולם), באמצעות PCR וריצוף ה- DNA של 7 גנים שמורים, "house-keeping genes", והשוואתם למסד נתונים עולמי. החיידקים המסווגים כיום בשיטת MLST הינם: Neisseria meningitidis, Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Legionella pneumophila - SBT

ריצוף גנומי מלא של חיידקים – (WGS) משמש כיום במחקר יישומי.

סיווג גנטי של חיידקים בשיטות מבוססות PCR (שאר הבדיקות המולקולאריות מפורטות במרכזים הארציים)

Multiplex PCR לסיווג חיידקי Campylobacter
PCR-RFLP לאבחנה מבדלת של שלושת טיפוסי החיידק Vibrio vulnificus
PCR של החיידק Mycobacterium leprae מדגימות slit skin smears וביופסיות
PCR של החיידק Corynobacterium diphtheriae לזיהוי הגן לטוקסין
Multiplex PCR לחייידקי Haemophilus influenzae – לזיהוי סוג החיידק בהתאמה לסיווג הסרולוגי המקובל