מרחב הסייבר מגלם הזדמנות לצמיחה כלכלית ולרווחה חברתית ותופס מקום גדל והולך בחיינו כפרטים וכחברה. לצד זאת, איומי הסייבר מתגברים והולכים, יוצרים השפעות שליליות על פרטים, על חברות ועל ארגונים ומציבים סכנות חדשות ברמה הלאומית – לביטחון הלאומי, לסדר החברתי ולכלכלה.

מדינת ישראל הינה מהמדינות הראשונות בעולם שהכירו בחשיבות ההגנה על מערכות ממוחשבות חיוניות. התארגנות ייעודית ראשונה להגנת הסייבר הלאומית התרחשה בשנת 2002 , כאשר הטילה ממשלת ישראל על הרשות הממלכתית לאבטחת מידע (רא"מ) בשב"כ אחריות להנחיית גופים אזרחיים, המפעילים מערכות ממחושבות חיוניות ברמה הלאומית. בעקבות ההחלטה הוקמה ועדת היגוי עליונה בראשות ראש המטה לביטחון לאומי, שיעדיה היו סנכרון והסתכלות כוללת על מאמצי הגנת הסייבר המדינתיים. כינון הוועדה ופעולות ההגנה של רא"מ היו מאמץ ממשלתי פורץ דרך ברמה העולמית בתחום הגנת הסייבר, והייתה להם תרומה ניכרת לביסוס ההגנה על התשתיות החיוניות ולפיתוח הידע והיכולות בישראל.

בשנת 2010 עם התפתחות המרחב ואיומי הסייבר, הורה ראש ממשלת ישראל על הקמת צוות מיוחד שיעסוק בגיבוש תכנית לאומית להצבת ישראל בין חמש המדינות המובילות במרחב הקיברנטי. הוועדה בנושא, אשר כונתה "המיזם הקיברנטי הלאומי", הובלה ע"י המולמו"פ (המועצה הלאומית למחקר ופיתוח אזרחי) בראשות האלוף (במיל.) פרופ' יצחק בן ישראל, וכללה את נציגי הגופים המרכזיים העוסקים בתחום. במסגרת עבודתה בחנה הוועדה את המרכיבים החיוניים להתמודדותה של מדינת ישראל במרחב הסייבר וניתחה את התועלות הלאומיות בהיבטי כלכלה, אקדמיה וביטחון לאומי.

על בסיס מסקנות המיזם הקיברנטי הלאומי, קיבלה ממשלת ישראל את החלטה מס' 3611 מיום 7 באוגוסט 2011 , לקידום היכולות הלאומיות בסייבר. במרכז ההחלטה עמדה הקמתו של מטה הסייבר הלאומי, בכפיפות לראש ממשלת ישראל. על המטה הוטלה, בין היתר, האחריות לגיבוש המדיניות והאסטרטגיה הלאומית בתחום הסייבר, לקידום תהליכי הגנה לאומיים ולהסדרתם, לפיתוח היכולות הלאומיות בתחום הסייבר ולביסוס שיתופי פעולה בין-לאומיים ומעמדה של מדינת ישראל כמדינה מובילה בתחום. בנוסף, מונה ראש המטה כיושב ראש ועדת ההיגוי העליונה. לראש מטה הסייבר הראשון מונה ד"ר אביתר מתניה, אשר נכנס לתפקידו בתחילת 2012. 

על בסיס האסטרטגיה שגיבש המטה עם כלל הגופים הרלוונטיים קיבלה ממשלת ישראל ב 15- בפברואר 2015 שתי החלטות. הראשונה, החלטה מס' 2443 , עוסקת באסטרטגיית בניין העמידות והחוסן בסייבר של המשק האזרחי, ובפרט בהיערכות הממשלתית מול המשק ובתוך הממשלה. השנייה, החלטה מס' 2444 , עוסקת באסטרטגיית ההגנה האופרטיבית על המשק האזרחי, בחיבור כלל גופי ההגנה הלאומיים לעשייה משותפת בהגנת סייבר, ובפרט בהקמה של הרשות הלאומית להגנת הסייבר. ייעוד הרשות היה להגן על מרחב הסייבר הישראלי ותפקידיה העיקריים היו ניהול כלל מאמצי ההגנה האופרטיביים במרחב הסייבר, הפעלת מרכז לסיוע בהתמודדות עם איומי סייבר (ה-CERT  הלאומי) וחיזוק החוסן של כלל המשק בתחום. בהתאם להחלטה 2444 - הרשות, כגוף האופרטיבי להגנת הסייבר, ומטה הסייבר, כגוף המדיניות ובניין הכוח בסייבר, היוו ביחד את מערך הסייבר הלאומי, הפועל במשרד ראש הממשלה, בכפיפות ישירה לראש הממשלה. ראש המטה מונה גם לתפקיד ראש המערך והיה ממונה על אישור תכניות העבודה של הרשות ותקציב המערך. 

הרשות החלה לפעול להגנת כלל המשק האזרחי ב 1- באפריל 2016, 90 יום לאחר מינויו של בוקי כרמלי לראש הרשות. בפרט, בהתאם להוראת השעה בחוק להסדרת הביטחון בגופים ציבוריים מאוגוסט 2016, הועברה האחריות לכלל גופי תשתיות המדינה הקריטיות (למעט גופי התקשורת) מרא"מ לרשות בתהליך שארך כשנה.

בשנת 2017 אוגדו כל הפעילויות הטכנולוגיות של מטה הסייבר ליחידה לטכנולוגיות סייבר, המהווה אתהזרוע הטכנולוגיות הלאומית לקידום יכולות וטכנולוגיות סייבר לרמה הלאומית. במקביל, נקלטה במטה הסייבר היחידה להזדהות וליישומים ביומטריים, כחלק מבניית השלם בתחום הסייבר.
עם סיום 2017, על בסיס המלצת ראש המערך לראש הממשלה, החליטה ממשלת ישראל, בהחלטה מס' 3270, לאחד את שני גופי מערך הסייבר הלאומי - מטה הסייבר הלאומי והרשות הלאומית להגנת הסייבר - לכדי יחידה ארגונית אחת. בהחלטת הממשלה נקבע, כי מערך הסייבר הלאומי יהיה אחראי על כלל היבטי הגנת הסייבר במרחב האזרחי, החל מגיבוש מדיניות ובניין כוח טכנולוגי, ועד הגנה מבצעית בסייבר. במקביל, עם סיום תפקידו של ד"ר מתניה כראש המערך לאחר הקדנציה שנקבעה ל6 שנים, מונה לתפקיד ראש המערך האחוד יגאל אונא, אשר נכנס לתפקידו בתחילת שנת 2018.

בישיבת ההמשלה בה הוחלט על האיחוד אמר ראש הממשלה: "הממשלה תקבל היום תחת המלצתי החלטה מאוד משמעותית – לאחד שתי רשויות למערך אחד מרכזי שינהל את הגנת הסייבר. אני קבעתי לפני כמה שנים חזון שישראל תהיה אחת מחמש מעצמות הסייבר בעולם, ואכן, אנחנו עומדים ביעד הזה".