פורום מדענים ראשיים של משרדי הממשלה נועד לתאם, להחליף רעיונות ולשתף בין הגורמים השונים האמונים על המחקר והפיתוח במשרדי הממשלה. הפורום, בהובלת משרד המדע והטכנולוגיה, משמש וועדה עליונה ומתאמת לכל מערך המחקר והפיתוח הממשלתי-אזרחי ומשמש גורם מייעץ למועצה הלאומית למחקר ופיתוח ולממשלה בכל הנוגע להתוויית מדיניות וסדרי עדיפויות למחקר ופיתוח הממשלתי-האזרחי. החברים בפורום הם המדענים הראשיים במשרדי הממשלה השונים.

בין הנושאים שמבקש הפורום לקדם: שילוב יותר אנשי מדע במשרדי ממשלה, איגום משאבים בנושאי מדע, קידום מחקר ופיתוח ממשלתי בצורה רוחבית, הקמת מאגר מומחים משותף, קידום מדע בקהילה והרחבת קשרי המדע הבין-לאומיים של ישראל. יושב ראש פורום המדענים הראשיים הוא שר המדע והטכנולוגיה המכהן גם כיושב ראש ועדת השרים למדע וטכנולוגיה. ממלא מקום יושב ראש הפורום והמרכז המדעי שלו הוא המדען הראשי של המשרד, פרופסור אלכסנדר בליי.

הצורך והחשיבות במינוי ובהפעלת מדענים ראשיים במשרדי הממשלה השונים הועלה לראשונה בדו"ח ועדת קצ'לסקי שעוגן בהחלטת ממשלה מ-1968. הפורום ומינוי מדענים ראשים במשרדי ממשלה הם פרי רעיונותיו של פרופ' אפרים קציר. פורום המדענים הראשיים הוקם בהחלטת ממשלה מ-1992 אשר עודכנה בהחלטת ממשלה מינואר 1993. בשנת 2000 גובשה הצעת החלטה, שהתקבלה כהחלטת ממשלה 2895 (מט/16), לעדכון וגיבוש פורום המדענים הראשיים, הרכבו ותפקידיו, כוועדה עליונה ומתאמת למגזר המחקר והפיתוח הממשלתי-אזרחי. עם כינונה ומיסודה מחדש של המועצה הלאומית למחקר ופיתוח אזרחי, עוגן תפקידו של פורום המדענים הראשיים ושל משרד המדע, הטכנולוגיה והחלל​ בחוק המועצה הלאומית למחקר ופיתוח אזרחי. 
תפקידי הפורום מתוך החלטת ממשלה מס' 2895(מט/16): "מדענים ראשיים במשרדי הממשלה"
​"פורום המדענים הראשיים –
כלל המדענים הראשיים במשרדי הממשלה יקיימו את פורום המדענים הראשיים, כגוף מתאם מקצועי של המחקר הממשלתי, למעט מחקר ופיתוח בטחוני (להלן – מחקר ממשלתי).

1. פורום מדענים ראשיים יורכב מכלל המדענים הראשיים, בראשותו של שר המדע, הטכנולוגיה והחלל ובריכוזו של המדען הראשי של המשרד. כמו כן יכללו בין חברי הפורום: מנכ"ל משרד המדע, הטכנולוגיה והחלל, ראש מינהל המחקר החקלאי, מנהל מינהל המחקר למדעי האדמה והממונים על המחקר והפיתוח במשרדים בהם אין מדען ראשי. ראש המנהל לפיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית ישתתף כמשקיף בפורום.
2. פורום מדענים ראשיים יביא בפני הממשלה דין וחשבון שנתי לגבי:

• תכניות המחקר הממשלתי של משרדי הממשלה השונים (מלבד במקרים בהם הוראות בטחון לא מאפשרות זאת), בכל נושא מדעי וטכנולוגי בתחומי אחריותם של המשרדים השונים;
• שילובן של תכניות המחקר הממשלתי של המשרדים השונים והתיאום ביניהן;
• תכניות העבודה של המחקר הממשלתי ומטרותיו העיקריות;
• מיון תוכניות העבודה למחקר ממשלתי הנוגעות לעיצוב מדיניות הממשלה בטווח הקצר, הבינוני ואלה העוסקות בטווח הארוך ובאספקטים בין-דוריים.

 3. פורום המדענים הראשיים יבצע באופן שוטף תיאום בין תכניות המחקר הממשלתיות השונות ויפעל לקידום המחקר והפיתוח הממשלתי, בין היתר, בדרכים הבאות:

1. עדכון הדדי בתכניות המחקר והפיתוח המתקיימות במשרדים השונים ותיאום ביניהן.
2. ייזום ואיגום משאבים להפעלת תכניות מחקר ופיתוח בין-משרדיות (תשתיות ומחקרים).
3. הצעת עקרונות לתקציבי המחקר והפיתוח במשרדי הממשלה לקראת דיוני התקציב השנתי. 
4. שיתוף פעולה עם ועדת המדע של הכנסת לקידום חקיקה רלבנטית ומודעות למחקר והפיתוח הממשלתי.
5. העלאת נושאים לדיון והצעות החלטה לפני ועדת השרים לענייני מדע וטכנולוגיה.

בנוסף, פורום מדענים ראשיים ישמש כגורם מתאם בכל האמור בשיטות הערכה ופעולה בתחומי העבודה המאפיינים את פעולתו, ובכללם אופן הפעלת קרנות המחקר במשרדים השונים ושיטות הערכת מחקרים הממומנים על-ידי המשרדים השונים. המדען הראשי במשרד המדע ירכז את הנתונים הרלבנטיים מהגורמים הממשלתיים העוסקים במחקר ובפיתוח ויציגם, במידת האפשר, במתכונת אחידה, להבטחת הסתכלות כוללת ואחידה של הממשלה".